2009年3月，日本对食品添加剂的使用标准进行了汇总和更新，对不同种类食品的具体添加剂限量都做了详细规定，具体标准文本详见：
日本食品添加剂使用标准
日本将食品添加剂划定为四种，即指定添加剂（Designated Food AddITives）、天然添加剂（Existing Food Additives）、天然香精（Natural flavoring agents）和一般添加剂。
1、指定食品添加剂 （Designated Food Additives）
指定食品添加剂是指对人体健康无害的、被指定为安全的添加剂。指定添加剂是由厚生劳动省经过食品安全委员会的风险评估和分析等一系列程序后，才可审批为指定添加剂。截止到2011年9月1日，日本共有421种指定添加剂。
指定食品添加剂的指定程序
421种指定食品添加剂清单（更新于2011年9月1日）
随着全球食品流通的扩大，日本进口食品占了日本食品市场的近60%，从而，存在一些食品添加剂在其他国家被规定使用，而在日本对这些食品添加剂却没有被授权使用。日本厚生劳动省将根据相应的评估标准对这些食品添加剂进行评估，从而确认其在日本食品中也可使用。目前，日本已对46种食品添加剂进行评估，只要符合相应的标准，即可在日本市场使用。
46种食品添加剂清单，及其相应的评估标准
2、天然食品添加剂 （Existing Food Additives）
现用添加剂是指在食品加工中使用历史长，被认为是安全的天然添加剂。2007年7月11日，日本重新划定418种现用添加剂。2011年5月6日，列表再次更新，共列出365种天然食品添加剂，其中不包含由于化学反应产生的物质或成分。
365种现用食品添加剂清单
3、天然香精 （Natural flavoring agents）
目前，日本规定天然香精共614种。这614种天然香精是由日本环境健康局第56号公告中列出，由厚生劳动省1996年5月进行公布。
614种天然香精清单
4、一般食品添加剂
一般添加剂是指既可作为食品也可作为食品添加剂。目前日本规定106种一般食品添加剂。这614种天然香精是由日本环境健康局第56号公告中列出，由厚生劳动省1996年5月进行公布。
106种一般食品添加剂清单
