二、食品GMP认证体系由食品GMP认证体系推行委员会（以下简称推行委员会）依业务性质委托适当之专业机构为认证或推广宣导执行机构。认证执行机构系负责执行资料审查、产品检验、追踪管理等食品GMP认证作业，并办理食品GMP相关之厂商辅导及技术发展等工作；推广宣导执行机构系负责办理食品GMP推广宣导、汇总厂商配合款及食品GMP认证合约书之签约与代发认证书等工作。
专业执行机构应逐年研提工作计划并与推行委员会召集单位签订委办合约书，且应接受推行委员会之监督考核，如有重大违失者，推行委员会得随时中止委托关系。
三、专业执行机构为执行推行委员会之委托业务，应于接受委托后，聘用专任人员组成食品GMP执行部门积极推展业务。
四、食品GMP认证体系之认证标志（以下简称认证标志）经推行委员会召集单位制定并依法注册在案。凡未获推行委员会同意，擅自使用或仿冒认证标志者，推行委员会除透过大众传播媒体公布擅用者外，并函请相关主管机关依法办理。
五、食品GMP认证体系之适用对象，在中华民国境内，应为领有经济部工厂登记证之食品工厂。
六、申请食品GMP认证之工厂，应符合「食品GMP认证体系细部作业程序」（如附件一）及「食品GMP认证体系查验评定基准」（如附件二）之规定。
申请食品GMP认证之工厂，应依产品类别、产品特性及厂房位置之不同予以区分。
七、申请食品GMP认证之工厂，于通过查验（包括现场评核及产品检验）并由认证执行机构报请推行委员会秘书处确认后，再与经推行委员会授权之推广宣导执行机构签订「食品GMP认证合约书」（如附件三）并获授认证标志使用权。
前项合约书之有效期间为一年，期满自动终止，双方如有意续约应另行签订之。签约后由推广宣导执行机构代理推行委员会核发「食品GMP认证书」（如附件四），其有效期间同合约书。
八、食品GMP认证合约书及认证书登载事项之变更，应符合「食品GMP认证合约书及认证书变更登载事项作业要点」（如附件五）之规定。
九、认证标志之图样、规格与印刷方式，应符合「食品GMP认证标志使用管理要点」（如附件六）之规定。
十、通过食品GMP认证之工厂（以下简称认证工厂）应符合现行食品有关法令、食品工厂GMP通、专则及本规章有关规定。
十一、认证工厂自认证合约签约日起，应确实依据「食品GMP追踪管理要点」（如附件七）之规定接受追踪查验，如有异常情形时，由认证执行机构通知限期改善。
经认证执行机构以书面通知限期改善无效时，得报请推行委员会取消该认证工厂或产品之食品GMP认证资格，并由推广宣导执行机构通知终止合约书。
十二、为提升食品GMP认证工厂之升级诱因，晋升优级之食品GMP认证工厂，得依「优级食品GMP认证工厂奖励要点」（如附件八）予以奖励。
十三、通过认证之工厂或产品，于十二个月内累计年度缺点达三次者，由认证执行机构报请推行委员会取消该工厂或产品之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
十四、接受委托代工之产品申请认证时，认证工厂应于委托代工合约书中，载明委托代工厂商不得冒用该委托代工产品之认证标志及字号。
接受委托代工之认证工厂应对上述仿冒情节负监督责任，如有发现仿冒事实时，应立即通报食品GMP认证执行机构处理。
认证工厂如未善尽监督上述仿冒之职责，经查明属实者，得登录该工厂及产品年度缺点各一次，并列入加严追踪管理。
十五、认证工厂依本规章相关规定接受产品检验时应缴费，并于收到专业执行机构缴费通知后一个月内缴清。逾期未缴者，经再限期催缴（每次催缴期间为一个月），且于十二个月内累计催缴纪录达三次者，得由专业执行机构报请推行委员会取消该工厂之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
十六、认证工厂对其认证产品之制造、委托加工、包装标示、成分纯度或广告宣传等，如有恶意虚伪行为，或因工厂之行为对消费者造成严重伤害，经食品GMP技术委员会确认属实者，除应自负一切法律责任外，并得由推行委员会取消该工厂之食品GMP认证资格。
十七、认证工厂或其产品被取消食品GMP认证资格者，于取消通知文到日起六个月内，不得以被取消认证资格之工厂或产品，再申请食品GMP认证。
十八、认证工厂经推行委员会取消工厂或产品之认证资格及认证标志使用权后，若仍继续使用时，应由认证执行机构确认后报请推行委员会透过大众传播媒体公布厂商名称，并由推行委员会函请相关主管机关依法办理。
十九、食品GMP认证体系之相关人员，于处理厂商文件资料时应遵守下列原则：
(一)厂商检送之文件资料内容，如有保密必要者，得不必检附或予以涂销，但于接受现场评核时，应准许评核人员在现场查阅。
(二)食品GMP执行机构应依据「食品GMP认证体系资料保密处理要点」（如附件九）之规定，督导有关人员确实执行，以防止泄漏业者产业机密。
(三)赴厂辅导或评核有关人员，未经厂商许可不得擅自影印或抄录厂商任何文件或资料。
二十、食品GMP现场评核人员应符合「食品GMP现场评核委员遴选作业要点」（如附件十）之规定。
二十一、本规章由推行委员会核定后实施，修正时亦同。
