水产品中甲醛的产生的第一条途径，研究认为由于水产品中存在与氧化三甲胺相关的酶和微生物的作用。由于水产品一般采用冰鲜、冷冻、冷藏贮藏，在贮藏过程中低温抑制了微生物的生长，所以微生物的作用对甲醛产生的影响应诙很小，而水产品自身存在的酶就成为主要影响因素，其中氧化三甲胺酶(TMAOase)是最主要的酶，这种酶以氧化三甲胺(TMAO)为底物，将TMAO分解为二甲胺和甲醛，使水产品质地包括气味、弹性、色泽等表观特征发生一定变化。TMAOase广泛分布于海产动物组织中，红肉鱼中的含量比白肉鱼多，淡水动物中则没有TMAOase或含量极微。在一些深海鱼类中，特别是在鳕鱼类中含量较高。这可以解释甲醛在鳕鱼体内含量很高，在乌贼和贝类中也有一定含量，而在淡水鱼类中含量很低的现象。除酶途径之外，内源性甲醛产生的第二条途径，可由非酶途径作用产生，特别是在高温作用下。有研究认为秘鲁鱿鱼加工的鱿鱼丝甲醛含量的上升主要发生蒸煮和焙烤工序。鱿鱼丝在烘干加工后TN4AOase的活性已经破坏，但贮藏过程中仍有甲醛产生，且不同种类鱿鱼的加工产品残留量不同。非酶途径甲醛的产生、残留和控制机理尚缺乏系统研究。